Žiemą šiltnamį svarbu tinkamai paruošti ir prižiūrėti, kad jis išliktų tvarkingas ir saugus iki pavasario. Reikia pašalinti augalų liekanas, išvalyti konstrukcijas, pasirūpinti dirvožemiu, reguliariai vėdinti ir saugoti šiltnamį nuo sniego bei šalčio. Tinkama žiemos priežiūra padeda išvengti ligų ir užtikrina geresnį būsimą derlių.